Bach woonde hier twee maal. De eerste keer, in 1703, werkte hij als violist in een klein kamerorkestje van hertog Johann Ernst en was assistent van hoforganist Effler. Bach had gesolliciteerd naar een aanstelling als organist in Arnstadt, daarom was hij vanuit Lüneburg weer naar het zuiden getrokken. Maar omdat de kerk en het orgel daar nog niet klaar waren kon hij niet proefspelen en zat dus feitelijk zonder baan. Weimar was dus voor nu even een tussenstation.
In 1708 werd Bach hoforganist en kamermusicus in Weimar, later concertmeester van Willem Ernst, hertog van Saksen-Weimar, een streng gelovig, vrij autoritair regerend, maar kunstminnend vorst. In deze periode componeerde Bach het overgrote deel van de orgelwerken waarmee hij later beroemd geworden is. Hij maakte in deze periode furore als orgel- en klavecimbelvirtuoos, briljant kamermusicus en componist. Het verhaal deed de ronde dat Bach op het orgelpedaal loopjes kon uitvoeren die de meeste organisten niet eens met de handen gespeeld kregen.
Ongeveer halverwege zijn ambtsperiode in Weimar werd Bach benoemd tot concertmeester van het hoforkest. Ten gevolge van de ziekte van de hofkapelmeester kreeg hij, als lid van een team van vooraanstaande componerende hofmusici, de opdracht om voor een duidelijk bepaalde vaste zondag van elke maand een kerkelijke cantate te schrijven ten behoeve van kerkdiensten in de hofkapel, de 'Himmelsburg'.
Bach onderhield in deze periode nauwe collegiale betrekkingen met Georg Philipp Telemann, toen werkzaam als hofkapelmeester aan het hertogelijke hof in Eisenach, die peetoom zou worden van zijn tweede zoon Carl Philipp Emanuel. In Weimar werden zes van Bachs kinderen geboren. Door interne conflicten in de hertogelijke familie, die het hofleven sterk beïnvloedden, keek hij gaandeweg uit naar een post elders. Het vorstenhof in Köthen bood hem die kans en Bach greep deze, maar pas nadat hij een maand lang in de gevangenis van het hertogelijke slot had moeten verblijven. Regerend hertog Willem-Ernst – die Bach uit respect voor zijn grote talenten ongewoon goed betaalde – was not amused omdat Bach het had gewaagd bij hem zijn ontslag aan te bieden, en liet zijn spierballen rollen: hij zette Bach achter slot en grendel.
Foto boven: het slot in Weimar.
De kerk en het orgel in Arnstadt waren nog niet klaar waren, daarom kon hij niet proefspelen en zat dus feitelijk zonder baan. Weimar was dus voor nu even een tussenstation.