Officieel was Bachs eerste baan Lackey aan het hof van de hertog in Weimar; dat is de naam voor een lagere bediende. Veel waarschijnlijker is het dat hij toen reeds, onder aanbeveling van de toenmalige Weimarer hoforganist Johann Effler (een oude relatie van Bachs vader Johann Ambrosius), eigenlijk een verkapte aanstelling kreeg als hofmusicus aan het hof van hertog Johann Ernst van Saksen-Weimar.
Veel verdiende hij niet: zijn salaris is zes florijnen en zestien grosschen per kwartaal maar wel gratis kost en inwoning.
In de Neue Kirche van Arnstadt wordt tussen 1701 en 1703 een nieuw Wenderorgel gebouwd. Als het af is, wordt Johann Sebastian gevraagd om het te testen. Hij speelt er een eerste uitvoering van Toccata con Fuga in d-moll en maakt daarmee een verpletterende indruk. Burgemeester Martin Feldhaus wil hem per se hebben en biedt hem een riant salaris. Bach aanvaardt deze benoeming en wordt benoemd tot vaste organist.
Uit de stadsarchieven blijkt dat de samenwerking met het kerkbestuur niet geheel vlekkeloos verloopt. Als hij verlof krijgt om een maand bij zijn grote inspiratiebron Buxtehude te gaan studeren, blijft hij bijna vier (!) maanden weg; hij wordt op het matje geroepen als hij ruzie heeft gehad met een student; die had Bach een klap gegeven en Bach had zich met een degen verdedigd. Ze vinden ook dat hij op een vreemde manier orgel speelt en bovendien dat hij zijn administratie slecht bijhoudt; bovendien heeft hij toestemming gegeven aan een 'vreemde maagd' om het orgel te bespelen. Nu weten wij dat het hier om zijn achternichtje Maria Barbara gaat, met wie hij een jaar later in het huwelijk zal treden.
Het lijkt erop dat het gemeentebestuur van alles erbij haalt om Bach weer kwijt te raken. Beschermheer Feldhaus was eerder vanwege malversaties aan de kant gezet en het bestuur zag zijn kans schoon de grootverdiener Bach aan de kant te zetten.
Tegenwoordig loopt Arnstadt weg met de beroemde Bach. Op zijn 250ste geboortedag, 21 maart 1935, wordt de Neue Kirche omgedoopt tot Bachkirche. In 2000, als de 250ste sterfdag van de componist wordt herdacht, wordt het gerestaureerde orgel opnieuw in gebruik genomen. Het oude Wenderorgel zoals Johann Sebastian het kende is in het begin van de twintigste eeuw vervangen door een romantisch orgel (van Steinmeyer), weliswaar met behoud van zes registers van het oude orgel. Deze waren negentig jaar later het uitgangspunt voor de bouw van een tweede orgel, dat een kopie is van het Wenderorgel zoals Johann Sebastiaan het heeft bespeeld.
Midden op het marktplein staat tegenwoordig een bronzen beeld van de jonge Bach. Het is pas anderhalve eeuw na zijn dood gemaakt en aangezien er slechts van één schilderij met zekerheid is vastgesteld dat het een portret van Johann Sebastian is, is het wel de vraag of het beeld enigszins op de twintigjarige lijkt. Deze slanke jongen, een beetje onderuit hangend op de orgelkruk en een recalcitrante indruk gevend, is in ieder geval wel een stuk.
Foto boven: Interieur van de Neue Kirche, thans Bachkirche, in Arnstadt. Hier gaf Bach zijn eerste officiële concerten.
Bach speelt bij de beoordeling van het orgel een eerste uitvoering van Toccata con Fuga in d-moll en maakt daarmee een verpletterende indruk.